Las cuotas por las que se cotiza en el contrato de formación en alternancia son las siguientes:
| Concepto | Empresa | Trabajador/a | Total |
| Por contingencias comunes | 51,06 € | 10,18 € | 61,24 € |
| Contingencias profesionales | 7,03 € | – | 7,03 € |
| Fondo de Garantía Salarial | 3,88 € | – | 3,88 € |
| Desempleo | 84,42 € | 20,16 € | 104,58 € |
| Formación | 1,90 € | 0,25 € | 2,15 € |
| MEI | 6,30 € | 1,26 € | 7,56 € |
| Total | 154,59 € | 31,85 € | 186,44 € |
De dichas cotizaciones, se puede aplicar bonificación por todos los conceptos excepto el MEI, por lo tanto se podrá bonificar 178,88 € y se abonarán los 7,56 € de cotización adicional que no estarán bonificados.
En el caso de que el contrato de formación cotice por encima de la base mínima, a la cuantía que exceda sobre la base mínima se aplicarán otros tipos de cotización. Y en los cálculos sobre esa cantidad que excede, de nuevo se multiplicará por el 0,6% de MEI.
Esto sólo se aplicará cuando nos encontremos con contratos de formación que coticen por encima de la base mínima cuya cuantía son 1.260 euros/mes o 42 euros/día.